Nedre luftvägsinfektioner orsakade av virus-provtagning
Från Referensmetodik för laboratoriediagnostik
Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Nedre luftvägsinfektioner, 2:a upplagan 2005
Innehåll
|
Virologisk diagnostik- indikation, provtagning, bedömning och svarsrutiner
V 1 Svalg
V 1.1 Virusodling
Aktuella virus
- Adenovirus (referensmetod)
- Morbillivirus
Indikation och bakgrund
Diagnostik av luftvägsinfektion genom virusodling från svalgsekret förekommer. Klinisk bild av adenovirus kan lätt förväxlas med bakteriell infektion eller Epstein Barr Virus infektion.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Pinnprov kan tas med kommersiellt tillgänglig provpinne och rör med transportmedium (Virocult).
- Provtagningsförfarande
- Skrapa bakre svalgväggen så att celler från slemhinnan kommer med. Stoppa ner pinnen i virocultröret och kläm om rörets botten så att pinnen fuktas.
Förvaring/ Transport
Transporten till viruslaboratorium bör vara snabb och kort. Transport i kyla förlänger överlevnad av virus, men provet bör ej frysas. I avvaktan på ympning på cellkultur kan provet förvaras i +4 °C . Aldrig frys! Om provet skall förvaras längre tid kontaktas vederbörande laboratorium för förvaringsinstruktioner.
Laboratoriediagnostik
Virusodling, se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 1.2 Antigenpåvisning
Aktuella virus
Indikation och bakgrund
Undersökningen sker med immunfluorescensmetodik (IF) för påvisning av virala antigen i infekterade celler i svalgsekret. För en korrekt bedömning och tolkning fordras vana vid undersökning av kliniska prov med fluorescensmetodik. Tekniken kan med fördel användas när svar önskas inom en dag.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se ovan under V 1.1 virusodling.
- Provtagningsförfarande
- Se ovan under V 1.1 virusodling.
Förvaring/ Transport
Se ovan under V 1.1 virusodling.
Laboratoriediagnostik
Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 1.3 Prov för nukleinsyrabaserad diagnostik
Aktuella virus
- Adenovirus
- Influensavirus A och B
Indikation och bakgrund
Diagnostik av misstänkt luftvägsinfektion genom nukleinsyrapåvisning från svalgsekret förekommer. Klinisk bild av adenovirus kan lätt förväxlas med bakteriell infektion eller Epstein Barr Virus.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se under V 1.1 virusodling.
- Provtagningsförfarande
- Se under V 1.1 virusodling.
Förvaring/ Transport
Se under V 1.1 virusodling.
Laboratoriediagnostik
Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 2 Nasofarynx
Nasofarynxsekret innehåller mer virus och virala antigen än andra provtagningsmaterial från luftvägarna och rikligt med virusinfekterade celler. Prov, som tas i slemsamlare med sug, kan användas för såväl virusodling som för påvisning av virala antigen i infekterade celler i nasofarynxsekret med immunfluorescens (IF) eller med EIA.
V 2.1 Virusodling
Aktuella virus
- Adenovirus
- Influensavirus A och B
- Morbillivirus
- Parainfluensavirus (referensmetod)
- RSV
- Metapneumovirus
- SARS-CoV
Indikation och bakgrund
Diagnostik av allvarlig luftvägsinfektion där snabbdiagnostiskt test (se nedan) utfallit negativt, behöver kontrolleras eller ej utförs. Isolering av influensavirus utförs dessutom av epidemiologiska skäl för att möjliggöra vidare karakterisering av virus.
Provtagning
Provtagningsmaterial. Transportkärl
- Aspirat: Trakeal-sugset och sugkateter alternativt 50 mL steril spruta, sugkateter och sterilt rör.
- Sekret/pinnprov: Provpinne med böjlig metalltråd och virocultrör. Flockad pinne med tranportmedium blir allt vanligare.
Provtagningsförfarande
- Aspirat: En sugkateter kopplas till det mindre munstycket på trakeal-sugsetet eller till en 50 mL steril spruta. Trakealsugsetets större munstycke kopplas till en pump. Sugkatetern förs in längs nässkiljeväggen tills spetsen når bakre svalgväggen, i syfte att samla ett prov innehållande virusinfekterade epitelceller. Aspirera sekret tills det befinner sig i sugkatetern. Vid aspiration med hjälp av spruta kan den behöva kopplas bort, ut med luft, kopplas på igen och aspirera på nytt. Sugkatetern roteras lätt under proceduren (hjälper till att skrapa loss epitelceller). Eftersug i båda fallen med ca 1 mL fysiologisk koksalt så att sekretet förs ner i slemsamlaren.
- Trakeal-sugset: Eftersug med ca 2 mL fysiologisk koksaltlösning så att sekretet förs ner i slemsamlaren.
- Steril spruta: Koppla loss sprutan. Fyll den med ca 2 mL fysiologisk koksaltlösning och spola igenom sonden så att sekretet förs ner i sterilt rör. Vid svårighet att få ett utbyte kan förslagsvis 0,5 mL fysiologisk koksaltlösning sprutas in via sugkatetern för att sedan aspireras.
- Trakeal-sugset: Efter provtagningen byts skruvlocket med de två nipplarna mot tätt skruvlock, som medföljer slemsamlarens förpackning. På så vis undviks kontamination från omgivningen.
- Sekret/pinnprov: Pinnprov för isolering av virus kan tas från nasofarynx, tonsiller och svalg. Pinnprov är enklare att ta, men innebär i övrigt inga fördelar framför nasofarynxsekret erhållet med sug. Sensitiviteten av odlingen är ofta lägre för pinnprov. Pinnprov kan tas med kommersiellt tillgänglig provpinne med böjlig metalltråd och rör med transportmedium (Virocult). För pinnen genom näsöppningen utefter näshålans botten mot bakväggen av nasofarynx. Låt ligga kvar i 20-30 sekunder. Flockade pinnar behöver bara snurras försiktigt mot bakväggen av nasofarynx, men behöver inte kvarligga 20-30 sekunder innan de dras ut. Stoppa pinnen i virocultröret och kläm om rörets botten så att pinnen fuktas eller följ eljest leverantörens anvisningar.
Förvaring/Transport
Transporten till viruslaboratorium bör vara snabb och kort. Nasofarynxaspirat taget med sug/50 mL spruta insänds utan särskild tillsats till viruslaboratorium för isolering. Transport i kyla förlänger överlevnad av virus, men provet bör ej frysas. I avvaktan på ympning på cellkultur kan provet förvaras i +4 °C . Aldrig frys! Om provet skall förvaras längre tid kontaktas vederbörande laboratorium för förvaringsinstruktioner.
Laboratoriediagnostik
Virusodling . Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Virusodling utförs på viruslaboratorier. Isolering kan svaras efter 1-4 veckor beroende på virus, negativt svar ofta efter 2-4 veckor beroende på frågeställning.
V 2.2 Antigenpåvisning
Aktuella virus
- Adenovirus
- Influensavirus A och B
- Morbillivirus
- RSV (referensmetod)
- Parainfluensavirus
- Metapneumovirus
Indikation och bakgrund
Misstänkt virusinfektion i luftvägarna, där svar önskas inom en dag.
Undersökningen sker med immunfluorescensmetodik (IF) för påvisning av virala antigen i infekterade celler i nasofarynxsekret eller med EIA (ELISA, TR-FIA). I tidigt sjukdomsförlopp innehåller nasofarynxsekret rikligt med virusinfekterade celler. I den infekterade cellen påvisas med in situ-metoder virala antigen med specifika antikroppar. Tekniken lämpar sig för såväl snabbdiagnostik som epidemiologisk screening, speciellt vid diagnostik på barn. För en korrekt bedömning och tolkning fordras vana vid undersökning av kliniska prov med fluorescensmetodik. Med moderna reagens är diagnostik av RS-virus relativt lätt, då förekomsten av infekterade celler vanligen är riklig. Diagnostik av influensavirus kan däremot vara mycket svår. Kommersiella kit av god kvalitet beroende på EIA-teknik marknadsförs för påvisning av RSV.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se under V 2.1 Virusodling
- Provtagningsförfarande
- Se ovan under V2.1 Virusodling.
Förvaring/Transport
Transporteras till viruslaboratorium snarast.
Laboratoriediagnostik
Antigenpåvisning. Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Antigenpåvisning utförs på viruslaboratorier. Diagnostiken tar ca 2-3 timmar från det att provet inkommer till laboratoriet. Således kan svar fås samma dag om provet inte anländer för sent på eftermiddagen.
V 2.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik
Aktuella virus
- Adenovirus
- Influensavirus A och B
- RSV
- Metapneumovirus (referensmetod)
- SARS-CoV (referensmetod)
Indikation och bakgrund
Känslig och snabb direktpåvisningsmetod vid misstänkt luftvägsinfektion.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se under V2.1 Virusodling.
Provtagningsförfarande
- Se ovan under V2.1 Virusodling.
Förvaring/Transport
Transporteras till viruslaboratorium snarast.
Laboratoriediagnostik
Nukleinsyrapåvisning. Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Nukleinsyrapåvisning utförs på viruslaboratorier. Svar lämnas inom 2-3 dagar.
V 2.4. Prov för elektronmikroskopi
Aktuella virus
- Okänt prov, misstanke om SARS-infektion.
Indikation och bakgrund
Sällsynt. Vid misstanke om SARS-infektion eller då misstanke om odiagnostiserad luftvägsinfektion och betydelsen av känt agens är mycket betydelsefullt.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se under V 2.1 virusodling.
- Provtagningsförfarande
- Se under V 2.1 virusodling.
Förvaring/Transport
Se under V 2.1 virusodling.
Laboratoriediagnostik
Påvisande av virus genom elektronmikroskopi.
Bedömning och svarsrutiner
Individuellt svar beroende på frågeställning.
V 3 Sputum
Sputum används ytterst sällan för virologisk diagnostik.
V 4 Prov via bronkoskop
Allmänt
Prov anländer till laboratoriet antingen som sekret på skyddad borste (V 4.1, beskrivs ej) eller som sköljvätska, bronkoalveolärt lavage (BAL). För virusdiagnostik rekommenderas BAL. Transbronkial biopsi kan också användas för viruspåvisning.
V 4.2 Bronkoalveolärt lavage (BAL)
V 4.2.1 Virusodling
Aktuella virus
- RSV
- Influensavirus A och B
- Parainfluensavirus
- Adenovirus
- Herpes simplex virus 1 och 2
- Cytomegalovirus
- Metapneumovirus
- SARS-CoV
Indikation och bakgrund
Misstanke på viralt agens i de djupa nedre luftvägarna.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Endoskopisk cytologiborste.
- Sterilt rör med 1 mL 0,9 % NaCl.
- Provtagningsförfarande
- Kan utföras på flera sätt. Oftast kilas bronkoskopspetsen fast i en segmentbronk i den afficierade lungdelen, varefter sköljning sker med 3 4x50 mL kroppsvarm 0,9 % NaCl. Så mycket som möjligt, i regel ca 100 mL, reaspireras och analyseras.
Förvaring/ Transport
Förvaras kylt 2-8 °C till dess transport till laboratoriet kan ske.
Laboratoriediagnostik
Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 4.2.2 Antigenpåvisning
Aktuella virus
- RSV
- Influensavirus A och B
- Parainfluensavirus
- SARS-CoV
- Herpes simplex virus
- Cytomegalovirus
- Adenovirus
Indikation och bakgrund
Diagnostisering vid misstänkt djup luftvägsinfektion.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se under V 2.1 virusodling.
- Provtagningsförfarande
- Se under V 2.1 virusodling.
Förvaring/ Transport
Se under V 2.1 virusodling.
Laboratoriediagnostik
Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 4.2.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik
Aktuella virus
Indikation och bakgrund
Diagnostisering vid misstänkt djup luftvägsinfektion.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Se under V 2.1 virusodling.
- Provtagningsförfarande
- Se under V 2.1 virusodling.
Förvaring/ Transport
Se under V 2.1 virusodling.
Laboratoriediagnostik
Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 8.2 Blod, antikroppsdetektion
Aktuella virus
- Adenovirus
- Herpes simplex virus 1 och 2
- Cytomegalovirus
- Influensavirus A och B
- Morbillivirus (referensmetod)
- Parainfluensavirus
- RSV
- Metapneumovirus
- SARS-CoV
Indikation och bakgrund
Vid negativa resultat avseende virologisk direktpåvisning kan serologi fylla en viktig funktion och vara ett viktigt komplement. Akut- och konvalescentprov krävs för diagnostik avseende adenovirus, influensavirus A och B, parainfluensavirus och RS-virus. Akut- och konvalescentprov är att föredra avseende cytomegalovirus, och morbillivirus, men IgM-diagnostiken är ofta adekvat för CMV. För primär herpes-simplex är serologi av värde endast vid primär infektion.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Rör utan tillsats eller rör med gel.
- Provtagningsförfarande
Förvaring/Transport
Transporteras till viruslaboratorium snarast.
Laboratoriediagnostik
Serologi. Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Serologi utförs på viruslaboratorium. Resultat av serologi kan vara svårtolkade. Serologi rörande reaktiverade infektioner eller serologi hos immunsupprimerade patienter kan vara svårbedömda.
Svar lämnas inom en vecka.
V 10 Obduktionsmaterial
V 10.2 Prov för molekylärbiologisk diagnostik
Indikation och bakgrund
Indikation vid dödsfall i akut okänd luftvägsinfektion, ofta vid lungengagemang. Före provtagning skall kontakt tas med virologiskt laboratorium.
Provtagning
- Provtagningsmateriel. Transportkärl
- Biopsier placeras i sterila rör och fuktas med fysiologiskt NaCl.
- Provtagningsförfarande
- Förvaras i kyla till transport till viruslaboratorium kan ske.
Förvaring/Transport
Transporteras till viruslaboratorium snarast.
Laboratoriediagnostik
Se under respektive virus.
Bedömning och svarsrutiner
Se under respektive virus.
V 11 Övrigt (konjunktivalsekret, feces)
Aktuella virus
- Adenovirus (konjunktivalsekret)
- SARS-CoV (feces)
- Se under respektive virus.
